Al-Quran merupakan petunjuk untuk sekalian manusia yang diturunkan Allah. Ia perlu sentiasa disebarkan, diamalkan dan dipelihara dalam kehidupan seharian manusia sepertimana yang diperintah oleh Allah. Namun, untuk menyebarkannya, memerlukan para pendakwah yang menghafal kitab suci Al-Quran ini di dalam dada mereka. Zaman berzaman, sejak zaman Rasulullah Sollallahu Alaihi Wasallam, menghafal Al-Quran telah menjadi satu keperluan dalam meneruskan legasi agama Islam yang mulia ini. Para penghafal Al-Quran diangkat kemuliannya, dijadikan panduan serta menjadi tempat rujuk orang-orang beriman bertanya berkenaan Al-Quran.

Sehubungan dengan itu, Maahad Tahfiz Al-Istiqamah menjadikan menghafal Al-Quran sebagai silibus induk untuk semua pelajar agar mereka dapat memahami agama dari sumber utama, iaitu Al-Quran. Maahad Tahfiz Al-Istiqamah memilih untuk menggunakan kaedah bacaan riwayat Hafs dalam menghafal.

Selain menghafal Al-Quran, pelajar juga mempelajari aliran akademik dan buuth. Aliran Buuth digunakan bagi memantapkan lagi kefahaman pelajar dengan ilmu-ilmu fardu ain dan kifayah serta ulum Al-Quran. Aliran akademik pula dimasukkan untuk memberi peluang yang lebih luas kepada pelajar. Tidak ketinggalan, para pelajar juga diwajibkan menyertai aktiviti kokurikulum bagi memastikan kesihatan pelajar Maahad Tahfiz Al-Istiqamah di tahap yang lebih baik dan kekal aktif.